Pupuk organik vs pupuk kimia sintetis

Dilihat dari kandungannya, pupuk organik memiliki kandungan nutrisi yang lebih lengkap baik makro maupun mikro. Namun takarannya sedikit dan komposisinya tidak pasti. Setiap pupuk organik mempunyai kandungan nutrisi dengan komposisi yang berbeda-beda. Sedangkan pupuk kimia sintetis hanya memiliki beberapa kandungan nutrisi saja, namun jumlahnya banyak dan komposisinya pasti. Misalnya, urea banyak mengandung unsur nitrogen (N) dalam jumlah yang cukup tapi tidak memiliki zat nutrisi lainnya.
Penyerapan nutrisi  atau zat hara pada pupuk organik lebih sulit dicerna tanaman karena masih tersimpan dalam ikatan kompleks. Namun secara jangka panjang akan meningkatkan kapasitas tukar kation tanah yang bisa memudahkan tanaman menyerap unsur-unsur tadi. Sedangkan pada pupuk kimia sintetis kandungan haranya bisa diserap langsung oleh tanaman. Kelemahannya, zat hara tersebut sangat mudah hilang dari tanah karena erosi.
Pupuk organik baik untuk digunakan dalam jangka panjang karena sifatnya menggemburkan tanah dan meningkatkan kemampuan tanah menyimpan air. Sehingga kesuburan tanah tetap terjaga. Sementara itu pupuk kimia sintetis walaupun efek reaksinya cepat, secara jangka panjang akan mengeraskan tanah dan mengurangi kesuburannya.
Dari sisi lingkungan dan ekosistem, pupuk organik memicu perkembangan organisme tanah. Tanah yang kaya akan organisme sanggup memberikan nutrisi secara berkelanjutan. Karena aktivitas organisme tanah akan menguraikan sejumlah nutrisi penting bagi tanaman. Sedangkan pupuk kimia sintetis malah membunuh organisme tanah. Sehingga untuk menyediakan nutrisi bagi tanaman selalu diperlukan penambahan pupuk dalam jumlah yang terus meningkat.
Dilihat dari sisi kesehatan, pupuk organik lebih menyehatkan bagi manusia karena tersusun dari bahan-bahan organik yang sama dengan tubuh manusia. Sedangkan pupuk kimia sintetis diketahui unsur-unsur bebasnya membahayakan kesehatan. Namun khusus poin yang terakhir ini masih menjadi perdebatan di kalangan para peneliti.